По другой легенде, хофбургское копьё ранее принадлежало Святому Маврикию.

Аска говорит с куколкой, что всегда будет одна. Рей ищет Синдзи, Аска объясняет ей, что всех Аянами так запрограммировали в Nerv, чтобы нравится Третьему. Когда она находит его, то оставляет паёк и плеер SDAT, который Икари отбрасывает.

Рей помогает по хозяйству, Синдзи долго молчит. Однажды Аянами спрашивает, защищает ли Синдзи деревню, получив ответ, что он всё разрушил, никого не хочет видеть и не понимает доброго к себе отношения. Когда Икари приходит в себя, Кенске берёт его своим помощником. Wille устанавливают сдерживающее поле, за которым находятся красная зона и пришедшие в движение безголовые Евы. Если они прорвутся — деревне конец.

Рей просит Синдзи, чтобы он дал ей имя в новой жизни. Через некоторое время Аянами становится плохо — она может существовать только в пределах Nerv, а уровень LCL падает. Тодзи идёт вместе с Синдзи и вспоминает прошлое. Кенске говорит, что его отец погиб от несчастного случая. Так как Гэндо Икари жив, то Синдзи нужно встретиться с ним.

Рей переодевают в школьную форму. На участке по восстановлению Кенске знакомит Синдзи с 14-летним Рёдзи-младшим, сыном Кадзи и Мисато. Отец Рёдзи умер, пытаясь остановить Третий удар, а мать ушла, считая себя недостойной. Скоро прибывает Wunder с поставками. Рей осознаёт, что осталось недолго и плачет. Она оставляет Хикари записку, где благодарит за всё и прощается. Синдзи произносит, что не хочет думать о другом имени, кроме Аянами. Рей отвечает, что счастлива и вновь передаёт плеер. Она не может здесь выжить и превращается в LCL.

Синдзи решает пойти с Аской на Wunder и получает пулю со снотворным. Просыпаясь, он видит Сакуру, сестру Тодзи, которая бьёт его по лицу за пилотирование Евы. Икари (объект «БМ-03») помещают в особую камеру. Личный состав от этого не в восторге. Аску повышают до майора. Мари наполняет их комнату книгами. Аска говорит, что сопляку Синдзи нужна не девушка, а мать. Wunder — это ковчег, сохраняющий жизнь на Земле, корабль Кадзи доверил Мисато. Новая штаб-квартира Nerv с Чёрной луной движутся к Южному полюсу, эпицентру Второго удара. Кодзо Фуюцуки по приказу Гэндо готовит к запуску Еву-13 для осуществления Четвёртого удара и завершения «Проекта совершенствования человечества». Старик Фуюцуки знает, что Икари заставил сына испытать боль от потери, когда Аянами № 6 утратила форму. Рицуко говорит Мисато, что та пожалеет за мягкость к Синдзи, и не следовало пускать его на борт. Кацураги смотрит на фотографию Синдзи и сына.

Nerv прибывает в пункт назначения; до конца света остаётся несколько часов. Флот Wunder и две Евы приводятся в боевую готовность. Аске и Мари выдают новые защитные белые костюмы. Аска в последний раз спрашивает Синдзи, понял ли он, за что она хотела его ударить. Ответ был правильным: потому что он не смог взять на себя ответственность, не решив ни помочь, ни убить её в тестовой Еве, заражённой Ангелом. Аска понимает, что Синдзи вырос и признаётся, что раньше любила его, но повзрослела быстрее. Мари прощается по-китайски: «Цзай цзянь!» («До свидания!»). Видение Каору говорит Синдзи, что он должен найти собственное место и они обязательно встретятся.

Wunder начинает операцию «Ямато» по предотвращению Четвёртого удара и нейтрализации Евы-13. Правый борт атакован аналогичным по мощности кораблём Nerv под командованием Фуюцуки. Wunder включает аварийное погружение, сталкивается с роем Евангелионов и попадает в засаду. Пока флагман прорывается к Чёрной луне, Аска и Мари прикрывают от натиска бесчисленных Ев-07. Аска добирается до Евы-13, но не может проникнуть через AT-поле и разбить ядро. Мари получает ранение. Корабли Nerv спускаются в эпицентр — врата в ад и создают «крылья света», чтобы начать новый удар. Происходит то, чего нет даже в сценарии Seele. В этот момент необнаруженный четвёртый корабль протаранил Wunder. Аска использует последнее средство Евы-02: активирует чёрный код 999, снимает повязку и выпускает из себя девятого Ангела, перестав быть человеком. Однако это не помогает, Ева-13 запускается, разрывая и сжигая Аску. К ней является «оригинал», которая говорит, что клон серии Сикинами должен воссоединиться с ней. Ева-02 взрывается в LCL. К Wunder прицепляется паразит — Ева-09, блокирующая систему управления. Все корабли искусственно создают Лилит и превращают Чёрную луну в копья. Сцена для удара готова. Мари отходит. Гэндо Икари появляется на палубе флагмана. Рицуко стреляет в него, но безрезультатно, поскольку он использовал «Ключ Навуходоносора», чтобы стать богом. Пилоты Аянами и Сикинами были специально созданы для завершения проекта. Все людские души сливаются с бесконечностью Евы. В последнем обряде коллективный разум попадёт в рай. Это доказал ещё доктор Кацураги, отец Мисато. Ангелы вкусили плод Древа Жизни, а люди их победили и должны наслаждаться вечностью как дети божьи. Чувства ничего не могут изменить, всадники уже собрались. Икари требует вернуть Еву-01 и заходит в тринадцатую. Земля поглощается, «Третья деревня» едва держится, за дверями Гафа — антивселенная, куда Wunder не пройдёт. Wille больше не в состоянии сражаться. Синдзи предлагает пустить его в оставшуюся Еву.

Мари бьётся с паразитом. Синдзи говорит Мисато, что хочет разобраться с отцом сам и надевает ошейник. Сакура Судзухара и Мидори Китаками пытаются убить парня за устроенный им ад, но пулю принимает Мисато, которая поручилась за него. Теперь другого выбора нет, кроме как поддержать командира. Мари на Еве-08 забирает Синдзи в родном сине-белом контактном костюме, чтобы он попал в антивселенную, где находится Гэндо. Внутри Евы-01 оригинальный клон Аянами извиняется за прошлое, но Синдзи отвечает, что всё в порядке. Синхронизация достигла бесконечного показателя. Обе Евы с копьями Кассия и Лонгина попадают в Голгофу, основу мироздания, где была Юи Икари. Именно там судьба подчиняется воле одного человека. LCL создаёт симуляцию воспоминаний. Сын сопротивляется и выступает против отца. Битва происходит в виртуальном Токио-3, квартирах Мисато и Рей, школе, а также в Геофронте, на поле арбузов Кадзи, развалинах Nerv. Первая Ева воплощает надежду, тринадцатая — отчаяние. Синдзи видит «Третью деревню», понимает, что проигрывает и силой Гэндо не победить. Придётся договариваться. «Дополнительный удар» означает конец.

Мисато планирует сделать из Чёрной луны новое копьё и отправить Синдзи. Гэндо показывает сыну «Чёрную Лилит» — воображаемый Евангелион. Это предсказал доктор Кацураги. Копья дополняют друг друга, реальность и фантазия смешиваются, всё становится целым. Удар переписывает мир заново. Вот способ исполнения желаний. Процесс начинается. Мари приходит к Фуюцуки, он замечает, что вместе с Икари они слишком долго цеплялись за надежду. Старик заявляет, что его работа закончена и Мария Искариот может поступать как хочет. Фуюцуки обращается к Юи и распадается. Мисато приказывает оставшейся команде покинуть флагман и готовится атаковать гигантскую Лилит. Мари уничтожает последние Евы и корабли Nerv. Лилит расправляет крылья. Гэндо показывает Синдзи мир, в котором нет А.Т.-полей и любых барьеров, а человечество имеет одно сердце и разум, чистые и незапятнанные. Сын в ответ передаёт отцу знакомый плеер, который был у него раньше. Они оказались похожи в детстве. Гэндо жил нелюдимым до встречи с Юи (их познакомила Мари), а потеряв её, не смог смириться с одиночеством, не желая признавать свою слабость, поэтому создал Рей и задумал комплементацию. Мисато на Wunder прорывается через руки Лилит. Мари бросает копьё Гая (знание и сила воли), которое попадает прямо в глаз сущности. У Синдзи появляется оружие, способное остановить удар. Однако флагман взрывается вместе с Мисато. Отец считал сына наказанием и отстранился от него, думая, что так будет лучше. А жена всегда была рядом, даже после смерти. Появляется Каору и спрашивает Синдзи, чего тот хочет. Сейчас для него важны не собственные переживания, а спасение Аски и друзей. Каору исполняет желание.